池田は中世には馬杉荘に含まれ、室町時代には今日の池田から甲賀町滝の範囲に池田保が成立し、檜尾神社はその鎮守社として崇敬され、檜尾大明神と称されました。社伝によれば祭神である天津彦彦火瓊々杵尊が降り立ったところであり、瓊々杵尊が青竜となって雲中に現れ、炎気の尾を垂れたため「火尾大明神」として祀ったところ、たびたび火災が起きたことから、「檜尾神社」と改めたと伝わります。
本殿は滋賀県の文化財に指定されており、桁行三間、梁間二間の規模の大きい三間社で、屋根は流造檜皮葺、正面に軒唐破風を付けています。蟇股などに動植物をあしらった彫刻で飾るなど、極彩色を施した近世らしい華やかな装飾がみられる社殿で、宝永四年（1707）に建造されました。また神門入り口の石段には、室町時代の文正元年（1466）多喜土佐を願主とする刻名がみられます。
当社には天正八年（1580）に池田勝三郎信輝が社殿造立のため寄進したことをしめす棟札が残っており、戦国武将であった池田信輝（恒興ともいう）が故郷の氏神のために奉納したのでしょう。江戸時代にも岡山藩、鳥取藩池田家が池田家先祖の氏神として檜尾神社からお祓いを受けており、両藩との深いつながりがみられます。