丘陵の先端や谷の入口には必ずといっていいほど城跡があり、侵入者は谷の両側から攻撃を仕掛けられると退路を遮られた。城といっても石垣はなく、土を盛り上げ一辺約50mの土塁で四方を囲んだ館タイプの城館で、土塁の高さは5m以上。数は伊賀、甲賀で800箇所にも及ぶ。