昭和39年（1964）、上野市（現　伊賀市）高山にあった農家を移築・復元し、伊賀流忍者屋敷として開館。のち平成10年（1998）に伊賀流忍者博物館と改称し現在に至ります。
忍者屋敷は、防衛のために作られた仕掛けからくりを忍者が実演してご案内。また展示施設では、忍者が使用した道具の展示、歴史や生活等を紹介しており、現代にも応用できる忍者の知恵を学ぶことができます。
併設の忍術ひろばでは、伊賀忍者特殊軍団阿修羅による忍術実演ショーが行われ、忍者がどのような武器や道具を使い、役割を果たし、身を守ったのかを解説しています。