닌자의 실상은 “이가슈”, “고카슈”라고 불린 “호족”과 “토착무사”들이었다. 전국시대, 권력을 가진 다이묘가 나타나지 않자 자치가 발달해 서로 연계하며 지역을 지켰다. 토착무사 등의 자치조직이 쇠퇴한 후에도 전국시대 내내 닌자의 기술은 중시됐기 때문에 각지의 다이묘를 섬기며 활약했다.