Les Ninjas étaient en réalité des « Dogo » (forces dominantes régionales) ou des « Jizamuraï » (anciens paysans qui avaient obtenu le titre de Samuraï au Moyen- Âge) , appelés « Iga-shu » (troupe d’Iga) et « Koka-shu » (troupe de Koka). Comme aucun Daimyo n’était parvenu au pouvoir durant la période de Sengoku, l’autonomie s’était développée et les Dogo et les Jisamuraï protégeaient leur région en coopération. L’art des Ninjas fut utilisé durant cette période, et même après le déclin de l’autonomie des Dogo et des Jisamuraï. Les Ninjas, inféodés aux Daimyos de différentes régions, firent alors leurs preuves.