La véritable image des ninja était celle des "samouraïs locaux", connus sous le nom de "Iga-shu" et "Kouga-shu".
Pendant la période des États en guerre, aucun seigneur féodal puissant n'a émergé dans la région, et l'autonomie s'est développée à partir du besoin de gouverner leurs propres terres avec leur propre pouvoir, et ils ont protégé la région en coopérant les uns avec les autres.
Les samouraïs locaux s'alliaient entre eux à l'échelle d'un comté ou d'une province et appelaient ces organisations autonomes "Iga Sokoku Ikki" et "Kouga Gunchu Sou", et étaient des alliés proches.
Les clans étaient fortement unis, ils étaient unis dans l'"ichimi dōshin" (unité d'un même clan) et "discutaient de diverses questions", parfois même en utilisant la règle de la majorité pour prendre des décisions. À l'époque des États en guerre, alors que le système féodal se renforçait et que les rivalités faisaient rage, la façon dont chacun travaillait ensemble pour maintenir la paix dans la région, plutôt que d'être gouverné par le pouvoir d'un seul seigneur, était complètement différente du monde impitoyable dépeint à la télévision et dans les films d'animation.
La répartition des châteaux en témoigne.
L'absence de pouvoir important dans cette région signifie qu'il n'y avait pas de châteaux particulièrement grands, et parce que les samouraïs locaux de la même espèce se rassemblaient, un monde de châteaux de la même forme et de la même taille entassés dans une petite zone a vu le jour.
Cependant, l'émergence de puissants souverains tels que Oda Nobunaga et Toyotomi Hideyoshi, qui visaient à unifier le pays, a mis fin à ces organisations locales autonomes de samouraïs.
En revanche, tout au long de la période des États belligérants, les compétences des ninjas ont été appréciées et ils ont été actifs au service des seigneurs féodaux dans différentes parties du pays.
En 1582, après l'incident de Honnoji, Tokugawa Ieyasu, qui se trouvait à Sakai, a été escorté par des ninjas d'Iga et de Kouga à travers la région comme chemin le plus court pour rentrer chez lui à Mikawa, et ses exploits ont été transmis jusqu'à ce jour sous le nom de "Kamijin Iga koshi" (La victoire d'Iga sur le souverain).